Katërmbëdhjetë vjet pas Ndikimit të Tretë, Shinji Ikari zgjohet në një botë që nuk e mban mend. Ai nuk është plakur. Pjesa më e madhe e Tokës është hedhur në gërmadha, NERV është çmontuar dhe njerëzit që ai mbronte dikur janë kthyer kundër tij. Duke u miqësuar me enigmatikun Kaworu Nagisa, Shinji vazhdon luftën kundër engjëjve dhe kupton se lufta nuk ka përfunduar, edhe kur mund të jetë kundër ish-aleatëve të tij. Luftimet e personazheve vazhdojnë mes betejave kundër engjëjve dhe njëri-tjetrit, duke u ngjitur deri në atë që në mënyrë të pashmangshme mund të jetë fundi i botës.