Nën sulmin e vazhdueshëm nga krijesat monstruoze të quajtura Engjëj që kërkojnë të zhdukin njerëzimin, Agjencia Speciale e OKB-së NERV prezanton dy pilotë të rinj EVA për të ndihmuar në mbrojtjen e qytetit të Tokio-3: Makinami misterioze Mari Illustrous dhe Asuka Langley Shikinami intensive. Ndërkohë, Gendo Ikari dhe SEELE vazhdojnë me një projekt sekret që përfshin Rei dhe Shinji.