Pas përfundimit të Turneut të Qytetit të Betejës, thellë nën rërën e Egjiptit, një e keqe e lashtë është zgjuar. Anubis, i cili u mund shekuj më parë nga alter egoja misterioze e Yugi - Faraoni i lashtë - është kthyer për hakmarrje. Duke përdorur fuqinë e Artikullit të Mijëvjeçarit të Tetë, Anubis është i vendosur të shkatërrojë Yugi dhe të marrë përsipër botën.