Gjashtë muaj pas ngjarjeve të përshkruara në Matrix, Neo ka provuar të jetë një ogur i mirë për njerëzit e lirë, pasi gjithnjë e më shumë njerëz po çlirohen nga matrica dhe po sillen në Sion, fortesën e vetme dhe të vetme të Rezistencës. Vetë Neo ka zbuluar superfuqitë e tij duke përfshirë super shpejtësinë, aftësinë për të parë kodet e gjërave brenda matricës dhe një shkallë të caktuar të njohjes paraprake. Por një lajm i keq godet rezistencën njerëzore: 250,000 roje makinerish po gërmojnë për në Sion dhe do t'i arrijnë në 72 orë. Ndërsa Sioni përgatitet për luftën përfundimtare, Neo, Morpheus dhe Trinity këshillohen nga Oracle që të gjejnë Kryebërësin që do t'i ndihmonte të arrinin Burimin. Ndërkohë ëndrrat e përsëritura të Neos që përshkruajnë vdekjen e Trinity e kanë shqetësuar atë dhe sikur të mos mjaftonte, agjenti Smith i ka shpëtuar disi fshirjes, është bërë më i fuqishëm se më parë dhe e ka fiksuar Neon si objektivin e tij të radhës.