Në vitin 2199, pesë vjet pasi Gamilons filluan një pushtim të Tokës, planeti është shkatërruar nga bombat e alienëve. Mbetjet e njerëzimit kanë ikur nën tokë për t'i shpëtuar sipërfaqes së rrezatuar. Një ditë, ish-piloti Susumu Kodai zbulon një kapsulë të dërguar nga planeti Iscandar që tregon për një pajisje që mund të largojë rrezatimin nga sipërfaqja e Tokës. Forca e Mbrojtjes së Tokës rindërton luftanijen Yamato me një lloj të ri sistemi shtytës për të bërë udhëtimin 148,000 vite dritë në Iscandar me shpresën për të shpëtuar Tokën. Brenda një viti, rrezatimi do të çojë pjesën tjetër të njerëzimit drejt zhdukjes.