Ash, Pikachu dhe banda përpiqen të ndalojnë një palë hajdutësh të fshehur në kanalet dhe rrugicat e Altomare, kryeqyteti i vjetër i ujit. Aventurës i bashkohen dy Pokemon të rinj legjendar, një palë vëllezër e motra të quajtur Latias dhe Latios, të cilët shërbejnë si paqeruajtës dhe mbrojtës të Vesës së Shpirtit - një thesar i paçmuar me një fuqi misterioze.